Odjel za programe udruga obavlja poslove vezane uz zaprimanje, razmatranje i procjenu programa i projekata udruga proizašlih iz Domovinskog rata, II. svjetskog rata i civilnih invalida rata putem Javnog poziva i Javnog natječaja te poslove vezane uz provedbu projektnih aktivnosti udruga.
Prema Programu financiranja udruga iz područja branitelja iz Domovinskog rata i njihovih obitelji, boraca II. svjetskog rata i civilnih invalida rata, koji svake godine donosi Gradska skupština Grada Zagreba, prioriteti financiranja su:
- socijalno, ekonomsko, psihološko osnaživanje i podizanje kvalitete života hrvatskih branitelja i članova njihovih obitelji te članova obitelji poginulih, zatočenih i nestalih hrvatskih branitelja
- socijalno, ekonomsko, psihološko osnaživanje i podizanje kvalitete života sudionika i stradalnika II. svjetskog rata
- organiziranje sportskih, kulturnih, zdravstvenih, edukativnih i drugih aktivnosti
- promicanje vrijednosti Domovinskog rata i II. svjetskog rata
- obilježavanje važnih datuma, obljetnica, državnih praznika i blagdana
Kontinuirano se provodi vrednovanje rezultata radi utvrđivanja učinkovitosti, vode se evidencije i izrađuju analize strukturiranih podataka. Posebna pozornost se posvećuje razvijanju suradnje sa civilnim društvom radi podrške njihovom institucionalnom i organizacijskom razvoju te se potiče suradnja sa drugim tijelima gradske i državne uprave i drugim nadležnim institucijama, u cilju provedbe aktivnosti od interesa za opće dobro, a kojima se ispunjavaju ciljevi definirani strateškim i planskim dokumentima Grada Zagreba.